北京公司疑难注销代办可以由以下方式进行：

1. 寻求专业代理机构的帮助：北京有很多代理机构专门从事公司注销代办业务，他们可以提供一站式的服务，包括税务注销、工商注销、银行注销等环节。这些机构通常有丰富的经验和专业的团队，可以帮助企业解决各种疑难问题，确保注销过程顺利进行。
2. 寻求法律援助：如果公司注销过程中遇到了法律难题，可以寻求法律援助。一些律师事务所或咨询机构可以提供专门的法律服务，帮助企业解决疑难注销问题。
3. 政府官方网站：北京各区都有自己的官方网站，上面通常会发布有关公司注销的相关政策和流程。企业可以在官方网站上查询相关资料和要求，并按照流程进行申请。
4. 咨询相关部门：企业可以主动联系工商、税务等部门，了解相关政策和流程，并咨询如何解决疑难注销问题。这些部门通常会提供指导和帮助，协助企业顺利完成注销流程。

需要注意的是，疑难注销代办需要找到正规、专业的代理机构或律师事务所，以确保注销过程合法、合规。同时，企业也需要积极配合代理机构或律师事务所的工作，提供必要的资料和协助，共同解决问题。